Tokubetsu Jonin es un tipo de ninja especializado que, en vez de pasar el entrenamiento y la prueba para convertirse en un completo Jonin, se concentra en un campo específico y se convierte en un experto. Mientras que los ninjas Tokujo no suelen superar el nivel de un ninja Chunin en el control de las técnicas del Jutsu o del Chakra, son expertos recomendables en el terreno en el que se han especializado, y suelen ser ampliamente respetados y reconocidos dentro de su propia aldea. En el argumento de Naruto, los examinadores de las tres etapas (para poder convertirse en Tojuko) son Morino Ibiki, Mitarashi Anko, Gekko Hayate y su reemplazante Namiashi Raido; todos ellos gozan el rango de Tokubetsu Jonin.

Las ayudantes, Shiranui Genma y Yamashiro Aoba, tienen también la categoría Tokubetsu Jonin. Cabe mencionar que la única especialidad revelada es la de Morino Ibiki: es experto de la interrogación de ANBU y jefe de las fuerzas de tortura. Otra Tokujo famosa de la serie es Inuzuka Tsume, la madre de Kiba y de Hana. Por otra parte, cabe mencionar que el Jonin es un tipo de ninja con mucha experiencia, habilidades personales excepcionales y gran energía. En términos militares modernos sería el equivalente de un oficial. Pasado el rango básico de Chunin, los personajes ninjas de Naruto se esmeran por escalar de jerarquía. De todas formas, los ninjas Jonin son generalmente enviados para cumplir misiones del tipo A o B, aunque las primeras son mucho más peligrosas y raras. También se les asigna a menudo que conduzcan equipos con hombres de Genin, por sus ventajas de conocimientos y experiencias. A diferencia de los Genin y Chunin, el rango de los Jonin no utiliza armas defensivas como el protector de la frente o el chaleco táctico.

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